依據「商港服務費收取保管及運用辦法」

船舶商港服務費為第四條：國際航線之船舶商港服務費，依該船舶每次入港時之總登記噸位，以每噸新臺幣零點五元計收。

國內航線之船舶商港服務費，按前項費率之四成計收。

第一等級之貨品如下：

米、麥、麥片、麵粉、麩皮、米糠、豆、豆粉、玉米、澱粉、豆餅、花生、花生餅、菜籽、棉籽、茶餅、飼料、漁粉、瓜子、胡桃、芝麻、糖、鹽、工業鹽、廢料及廢品柴薪、木片、空油桶、廢膠及其製成品、硫磺、石墨、磚、瓦、土製品、石製品、石棉及其製品、焦炭、柏油、紙漿。

第二等級之貨品如下：

廢料及廢品(屬棉、麻、毛、絲、皮、人造纖維)、棉及其製品、麻及其製品、毛髮及其製品、豬鬃及其製品、草及其製品、廢金屬及廢品、鋼鐵及其製品、化學肥料、柏油紙及其製品、蔬菜、鮮果。

不屬第1、2等級貨類者，皆列為第3等級。

至於礦砂、煤炭、硫酸、土、石、砂、石灰、石膏、水泥、廢紙、糖蜜等量多且低價之貨類，以散雜貨輪裝卸者以第一等級費率四折計收，且超過五萬公噸之部份以二折計收。

若以貨櫃輪裝卸者，則以第一等級費率五折計收。
費率表資料」->「20030516啟用新費率」查閱

自九十一年一月一日起收取商港服務費，商港建設費並自同日起停止徵收。

第十二條之規定：國際航線貨物商港服務費，應由繳納義務人於貨物進出口時，向航港局辦理申報。

航港局為收取前項貨物商港服務費，得經由通關網路連線接收進出口艙單及自海關連線接收進出口貨物放行通知訊息等之必要計費資料，製作國際航線貨物商港服務費申報單，並於核定後填發國際航線貨物商港服務費繳納單。

前項所需計費資料，繳納義務人或其業務代理機構，亦得經由其他網路連線提供。 繳納義務人未依前二項規定提供申報資料者，應檢附進出口報單填具國際航線貨物商港服務費申報單，向航港局辦理，並由航港局於核定後填發國際航線貨物商港服務費繳納單。

國內航線貨物商港服務費之申報，應由繳納義務人或其業務代理機構於船舶裝卸貨物時，填具國內航線貨物商港服務費申報單，向航港局辦理，並由航港局於核定後填發國內航線貨物商港服務費繳納單。